《包法利夫人》是一出现实主义与浪漫主义并存的悲剧。小说中的女主人公爱玛·包法利是一名小资产阶级的妇女。结婚后痛恨丈夫查理·包法利医生的庸碌无能，渴望温柔，英俊而有才情的伴侣，追求浪漫和优雅的贵族生活，为了实现这个目的而不惜几次三番地与人通奸，甘愿堕落为他人情妇，痴心爱情，而无暇后顾。最终变得精神分裂，负债累累，服毒自杀的下场。而男主人公查理是个迟钝迂腐，懦弱无能，却十分老实，勤快的人。出生在一个破败潦倒的家庭，很迟才上学，被同学们讥笑蠢笨，然而十分勤奋，每课必上，笔记必作既不拔尖，也不垫底。最后考入了医学院，成为了一名医生。
在第一部中，查理的父母为查理找到了一名年老且丑陋，但继承丈夫大笔遗产的遗孀做老婆。夫人对查理管教很严，偷拆信件，对病人诊费斤斤计较，买昂贵衣服，让查理顺着他，说爱她。不久查理就遇到了请他治腿的富农卢欧老爹的女儿爱玛，一个可爱又迷人的姑娘。查理以治疗为借口，和爱玛相见。夫人得知后，醋劲大发。然而过后不久婆婆发现大笔遗产是假的，和媳妇大吵大闹，最后第一任包法利夫人精神失常，吐血而亡。卢欧老爹闻讯，安慰查理，并让他娶爱玛为妻。于是不久，爱玛成为了第二任包法利夫人。少女时期的爱玛对爱情十分渴望，婚后的查理夫妇也倍感甜蜜。但是爱玛总觉得查理不解风情。直到一位被查理治好的子爵邀请他们去舞会，爱玛被子爵的风度深深吸引了，经过一夜纸醉金迷的贵族生活，爱玛就再也忘不掉那种感觉了。
第二部里，爱玛因为过度的幻想而深陷痛苦之中。查理以为爱玛水土不服而得病，就举家搬迁到永镇寺。在这里他们认识了药剂师郝麦先生和文书赖昂先生。爱玛为赖昂的博学素养和绅士风度所折服，爱上了她。但赖昂要去巴黎念法律，很快就和爱玛分别了。爱玛又陷入无聊的生活和幻想之中。有一天，一个名为罗道耳弗·布朗的于歇特的地主来找查理替其仆人放血，在此认识了包法利夫人，并想要得到和玩弄她。罗道耳弗是一个情场老手，性格豪放粗野，内心粗俗，却有着敏捷而清晰的头脑。他毫不费力就让爱玛当了他的情妇并痴迷于他。一方面，爱玛为这种通奸的乐趣感到兴奋。另一方面，她又嫉妒痛恨查理的懦弱无知。她想要和罗道耳弗远走高飞。但那并不是如他所想，他很快一书抛弃了爱玛，爱玛进入精神分裂状态，之后又极度忏悔，希望赎清自己的罪孽。可一波未平，一波又起，赖昂学成归来，在鲁昂的事务所实习。查理夫妇去看戏时碰到了他，爱玛又陷入新的感情漩涡……
第三部开始，爱玛借口去鲁昂学钢琴，实则每个周四都和赖昂幽会，共度良宵。爱玛又开始享受到苟合的乐趣，并且愈演愈烈。她四处借钱，为通奸的场所创造舒适条件，最终引火烧身，商人勒乐通过法院传票，逼她还债。最终包法利夫人无计可寻，偷了药剂师实验室里的一瓶砒霜，服毒自杀。而查理因为伤心过度，日渐颓废。女儿白尔特寄人篱下，后进了纱厂，而药剂师大走红运，生意兴隆。
查理一直深爱着爱玛，当他发现爱玛一抽屉的情书时，他并不嫉妒和痛恨赖昂和罗道耳弗，而认为错的是命。在这方面，他显得比任何人都高贵，但他错就错在无知，过度的宽容。要是他心思细腻一点，懂得爱玛的想法，就不会酿成这部悲剧了。
书中有大量的情态描写和心理描写，充分说明爱玛是个爱幻想，贪慕虚荣，追求浪漫的女人。正因为她这种心理和查理带给她的婚后枯燥乏味的生活，她才几次三番地越轨，不惜一切代价和其他男人苟合，追求她所谓的爱情，才落得这般悲惨的下场。虽然作者福楼拜描写的只是一般的桃色事件，但是他触及到了更深和广阔的方面，可以说爱玛的悲剧不只是她一个人的悲剧，更是一个时代的悲剧。